Cuando estalló el movimiento independentista, Juana y su marido, Manuel Padilla, se integraron al Ejército del Norte enviado por Buenos Aires. Tras la derrota de Huaqui, los realistas tomaron el control del Alto Perú. Juana resistió hasta que consiguió unirse a las tropas de Manuel Belgrano con un batallón llamado Los Leales, que ella misma organizó.

Cobró fama por ser una mujer que pensó importantes estrategias de guerrilla para resistir a los españoles. Las derrotas patriotas en Vilcapugio y Ayohuma provocaron la retirada del Ejército del Norte. Antes de dejar el mando, Belgrano le entregó su sable a Juana y la nombró Teniente Coronel.

Las Secuencias temáticas Mujeres en la Independencia tienen como objetivo destacar el rol de las mujeres en los procesos independentistas en América Latina.